Opažene so razlike med svetlobnimi in elektronskimi mikroskopi.
Razlika med optičnim mikroskopom in elektronskim mikroskopom je v tem, da lahko optični mikroskop vidi samo določene celične strukture, kot so celične stene, kloroplasti, obarvani kromosomi, mitohondriji, jedra itd. majhni organeli. Skratka, svetlobni mikroskop lahko vidi mikroskopsko strukturo celic, elektronski mikroskop pa submikroskopsko strukturo.
Glavna razlika je povečava. Optični mikroskopi imajo omejitev povečave in ne glede na to, kako velik je zoom, ga človeško oko ne more razločiti. y(min)=0.61*valovna dolžina)/(n*sinu) —— Tudi če je n*sinu potopljen v olje, je največja vrednost približno 1,5, ostalo pa je odvisno od velikosti valovne dolžine. Zato je največji optični mikroskop približno 1000-krat in je neuporabno povečati. Elektronski mikroskopi za slikanje uporabljajo elektronske žarke, valovna dolžina pa je veliko manjša od valovne dolžine vidne svetlobe, zato je najmanjša razdalja ločljivosti y(min) veliko manjše in manjše podrobnosti je mogoče razrešiti, povečava pa lahko doseže več milijonov.
