Dve uporabi mikroskopov:
Biološki mikroskop: na splošno lahko mikroskope razdelimo na dve kategoriji: stereomikroskopi in biološki mikroskopi. Zaradi različnih namenov in zahtev so se pojavile številne veje, vendar osnovna načela ostajajo enaka. Polarizacija, fazni kontrast, prenos in padajoča svetloba so še vedno razvrščeni kot biološki mikroskopi.
Stereoskopski mikroskop: znan tudi kot seciranje mikroskopa, trden mikroskop in stereomikroskop, je mikroskop z mnogimi uporabami. Je enostavno upravljati, ne potrebuje visokih standardov za osebke, ima dolgo delovno razdaljo in ima med opazovanjem močan občutek tridimenzionalnosti. Lahko opazuje fizične predmete in med opazovanjem izvaja nekatere operacije na vzorcih. Za razliko od bioloških mikroskopov, ki zahtevajo rezanje vzorcev, rezanje zahteva ustrezne tehnike in opremo. Zato imajo stereomikroskopi široko paleto aplikacij v mikroelektroniki, montaži in vzdrževanju natančnosti in instrumentov, mikro rezbariranju in drugih poljih. Na področju biologije in medicine za anatomske operacije in mikrokirurgijo se široko uporablja na področju biologije in medicine (trenutno razvrščena kot kirurški mikroskopi), njegov svetlobni vir lahko uporablja le vire hladne svetlobe (optična vlakna) na področjih biologije in medicine; Uporablja se v industriji za opazovanje, montažo, pregled in drugo delo majhnih komponent in integriranih vezij.
Metalografski mikroskop: Mnogi ga radi pišejo kot "zlati mikroskop". Metalografski mikroskop je mikroskop, ki se posebej uporablja za opazovanje metalografske strukture neprozornih predmetov, kot so kovine in minerali. Teh neprozornih predmetov ni mogoče opaziti v običajnem mikroskopu prenosa, zato je glavna razlika med njimi v tem, da prva uporablja odsevno svetlobo, medtem ko slednja uporablja prenosljivo svetlobo za osvetlitev. V metalografskem mikroskopu je osvetlitveni žarek usmerjen iz objektivne leče proti površini opazovanega predmeta, ki se odraža s površino predmeta in se nato vrne v objektivno lečo za slikanje. Ta odsevna osvetlitev se pogosto uporablja tudi pri odkrivanju integriranih silicijevih rezin.
