Svetlobni in elektronski mikroskopi se med seboj razlikujejo. Primerjajte različice podobnih izrazov.
Optični mikroskop lahko vidi samo specifične celične strukture, kot so celične stene, kloroplasti, označeni kromosomi, mitohondriji, jedra itd., medtem ko lahko elektronski mikroskop opazuje vse celične strukture. Če poenostavimo, lahko svetlobni mikroskop razkrije mikroskopsko strukturo celice, medtem ko lahko elektronski mikroskop razkrije njeno submikroskopsko sestavo.
Povečava je glavna razlika. Ne glede na to, kolikšen zoom je uporabljen, imajo optični mikroskopi največjo povečavo, preko katere človeško oko ne more razbrati. y(min)=0.61*valovna dolžina / (n*sinu) Največja vrednost je približno 1,5, tudi če je n*sinu potopljena v olje, preostale količine pa so odvisne od velikosti valovne dolžine. Zato je povečevanje nesmiselno, saj je največja povečava optičnega mikroskopa približno 1000-kratna. Ker je valovna dolžina elektronskih žarkov, ki se uporabljajo pri slikanju z elektronskim mikroskopom, znatno krajša od valovne dolžine vidne svetlobe, lahko razločijo drobne podrobnosti, kar omogoča povečave do več milijonov.
