Ko izbirate, kateri sistem boste uporabili ali kupili, je najprej treba upoštevati, kateri parametri so najpomembnejši za poskus: hitrost, občutljivost, ločljivost, diskriminacija več valovnih dolžin ali sposobnost preživetja celic, od katerih so mnogi parametri med seboj v nasprotju in potrebujejo biti ogrožen. Drugi dejavnik je, ali je namen uporabe tega sistema za določeno ali splošno zaznavanje. Na splošno so sistemi z večjo fleksibilnostjo pri izbiri strojne opreme primernejši za specifične preglede, vendar imajo višje tehnične zahteve za montažo in uporabo. Izbira sistema z zrelo programsko opremo prihrani čas. Ne glede na vrsto sistema, ki ga izberete, ga najprej preizkusite z lastnimi eksperimentalnimi materiali. Prodajni zastopnik podjetja mora izbrati ustrezen filter, vir vzbujalne svetlobe in lečo objektiva glede na fluorescenčno barvilo, uporabljeno v poskusu, in zahtevano povečavo ob demonstraciji opreme. Poleg biološkega materiala, ki nas zanima, je treba za primerjavo različnih sistemov na podlagi dobljenih kvantitativnih podatkov uporabiti niz stekelcev, ki vsebujejo različna barvila.
mikroskop
Najprej morate izbrati med pokončnim (pogled od zgoraj) ali obrnjenim (pogled od spodaj) mikroskopom. Na splošno so invertni mikroskopi koristni pri opazovanju živih celic in pridobivanju 3D slik visoke ločljivosti. Stopnica invertnega mikroskopa eksperimentatorjem olajša manipulacijo z vzorci, olajša mikroinjektiranje in olajša uporabo inkubatorjev pod nadzorom okolja. Hkrati pa invertni mikroskop zagotavlja tudi boljšo mehansko stabilnost vgradnje CCD kamere.
Izbira objektiva
Izbira objektiva in način njegove uporabe je pomemben parameter, ki vpliva na kakovost slike. Izbira pravega mikroskopskega objektiva za medij za namestitev je ključnega pomena za slikanje. Mikroskopski objektivi lahko delujejo v zraku (običajno majhna povečava), potopljeni v vodo (WI) ali raztopini glicerola (80 odstotkov), silikonskem olju ali olju za običajne objektive (RI 1,50 do 1,534). Objektiv je najpomembnejši del mikroskopa in ga je treba redno pregledovati in čistiti.
